Qu'est-ce que l'auto-facturation ?

En principe, c'est le vendeur qui établit la facture de ses propres ventes. L'auto-facturation inverse cette règle : c'est l'acheteur qui rédige la facture, au nom et pour le compte du vendeur.

En agriculture, ce fonctionnement est très courant du côté des coopératives. Pour la collecte du lait, des céréales ou du bétail, la coopérative édite ainsi fréquemment le document au moment de la pesée ou de la livraison, dans le cadre d'un mandat de facturation, plutôt que de demander à chaque adhérent de facturer sa propre vente. Le règlement se fait souvent par compensation : la coopérative déduit du montant qui vous est dû les factures d'approvisionnement qu'elle vous a elle-même adressées, comme des aliments pour bétail ou des semences.

Un point à garder en tête : vous restez le fournisseur juridique de l'opération. La coopérative se contente d'établir matériellement le document. Elle ne devient pas vendeuse à votre place, et vous restez responsable de l'exactitude des informations qui y figurent.

Cadre réglementaire et mentions obligatoires

À la date de publication de cet article, l'auto-facturation est notamment prévue par le point 2 du paragraphe I de l'article 289 du Code général des impôts. Cette référence est appelée à évoluer à compter du 1er janvier 2027 dans le cadre de la recodification de la TVA. Elle suppose l'existence d'un mandat de facturation entre vous et votre acheteur, c'est-à-dire un accord qui l'autorise à émettre des factures en votre nom. Ce mandat peut être tacite dans certaines situations, mais un écrit reste vivement conseillé pour en garder la trace.

Le mandat peut prévoir un délai pendant lequel vous pouvez contester le contenu d'une facture reçue. Les parties déterminent librement les modalités d'acceptation des factures ; une procédure d'acceptation tacite à l'expiration d'un délai de contestation est notamment admise.

Le document doit porter la mention « Auto-facturation ». Conservez chaque auto-facture reçue : c'est votre pièce justificative comptable, même si vous ne l'avez pas rédigée vous-même.

Facturation électronique

À compter du 1er septembre 2026, toutes les entreprises concernées devront être en mesure de recevoir des factures électroniques. L'obligation d'émettre des factures électroniques s'appliquera à cette date aux grandes entreprises et aux ETI, puis au 1er septembre 2027 aux PME et microentreprises. En cas d'auto-facturation, ce calendrier s'apprécie au regard de l'entreprise fournisseur au nom et pour le compte de laquelle la facture est émise : ce n'est donc pas la taille de votre acheteur qui détermine la date à laquelle vos propres obligations s'appliquent.

Comptabilisation de l'auto-facturation

Les modalités d'enregistrement diffèrent selon votre régime fiscal. Si vous relevez du micro-BA, vous devez notamment tenir un document détaillant quotidiennement vos recettes professionnelles et conserver les factures et autres pièces justificatives correspondantes, dont vos auto-factures reçues. Si vous relevez d'un régime réel, les modalités diffèrent entre réel simplifié et réel normal, et l'auto-facturation ne s'enregistre pas nécessairement au même moment selon celui qui s'applique à vous.

Au réel simplifié, la comptabilité courante enregistre les encaissements et les paiements, puis les créances et les dettes sont constatées à la clôture.

Au réel normal, le livre-journal retrace en principe les opérations au jour le jour ; l'administration admet toutefois que la comptabilité journalière soit tenue à partir des encaissements et des paiements.

Auto-facturation et TVA

Qui établit matériellement la facture n'a aucune incidence sur qui reste redevable de la TVA. Si vous êtes redevable de TVA au régime simplifié agricole, c'est vous qui restez redevable de la taxe collectée sur votre vente, même si c'est votre acheteur qui a rédigé le document. Le document doit permettre d'identifier sans ambiguïté qui est le vendeur réel de l'opération.

Si vous êtes imposable à la TVA selon le régime simplifié agricole, votre acheteur qui établit matériellement vos factures doit également détenir une attestation de votre part certifiant votre situation au regard de la TVA. Cette attestation peut aussi formaliser le mandat de facturation et mentionner votre numéro d'identification à la TVA.

Si vous êtes sous le remboursement forfaitaire agricole, l'opération ne comporte pas de TVA collectée à proprement parler. Lorsque votre acheteur professionnel est soumis à la TVA au titre de la revente des produits concernés, il doit notamment vous remettre un bulletin d'achat ou un bon de livraison lors du paiement et vous délivrer, au début de l'année suivante, l'attestation annuelle requise pour le remboursement forfaitaire. Sans cette attestation, le remboursement auquel vous avez droit peut être bloqué. Vérifiez donc que vous la recevez bien chaque année, même quand c'est votre acheteur qui gère l'auto-facturation.